对RAS和RAF蛋白的行为与细胞膜中局部脂质环境之间关系之间的关系的了解对了解癌症形成的基础机制至关重要。在这项工作中,我们采用深度学习(DL)来学习这种关系,通过预测基于脂质膜的RAS和RAS-RAF蛋白复合物的蛋白质定位状态,该状态基于蛋白质结构域周围的脂质密度(CG),相对于脂质膜。分子动力学(MD)模拟。我们的DL模型可以预测六个蛋白质状态,总体准确性超过80%。这项工作的发现为蛋白质如何调节脂质环境提供了新的见解,这反过来又可以帮助设计新型疗法以调节与癌症发展相关的机制中的这种相互作用。
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捕获复杂的生物学现象通常需要多尺度建模,在使用有限的昂贵和高保真模型的有限组件开发粗糙和廉价的模型的情况下。在这里,我们在癌症生物学的背景下考虑了这样的多尺度框架,并解决了评估使用分子动力学模型的一维统计数据开发的连续模型的描述能力的挑战。使用深度学习,我们开发了一个高度预测性的分类模型,该模型可以从连续模型中识别复杂和新兴行为。两次模拟证明了超过99.9%的精度,我们的方法证实了蛋白质特异性的“脂质指纹”的存在,即脂质的空间重排以响应感兴趣的蛋白质。通过此演示,我们的模型还提供了对连续模型的外部验证,肯定了这种多尺度建模的价值,并可以通过进一步分析这些指纹来促进新的见解。
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We investigate ensemble methods for prediction in an online setting. Unlike all the literature in ensembling, for the first time, we introduce a new approach using a meta learner that effectively combines the base model predictions via using a superset of the features that is the union of the base models' feature vectors instead of the predictions themselves. Here, our model does not use the predictions of the base models as inputs to a machine learning algorithm, but choose the best possible combination at each time step based on the state of the problem. We explore three different constraint spaces for the ensembling of the base learners that linearly combines the base predictions, which are convex combinations where the components of the ensembling vector are all nonnegative and sum up to 1; affine combinations where the weight vector components are required to sum up to 1; and the unconstrained combinations where the components are free to take any real value. The constraints are both theoretically analyzed under known statistics and integrated into the learning procedure of the meta learner as a part of the optimization in an automated manner. To show the practical efficiency of the proposed method, we employ a gradient-boosted decision tree and a multi-layer perceptron separately as the meta learners. Our framework is generic so that one can use other machine learning architectures as the ensembler as long as they allow for a custom differentiable loss for minimization. We demonstrate the learning behavior of our algorithm on synthetic data and the significant performance improvements over the conventional methods over various real life datasets, extensively used in the well-known data competitions. Furthermore, we openly share the source code of the proposed method to facilitate further research and comparison.
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深度度量学习(DML)旨在最大程度地减少嵌入图像中成对内部/间阶层接近性违规的经验预期损失。我们将DML与有限机会限制的可行性问题联系起来。我们表明,基于代理的DML的最小化器满足了某些机会限制,并且基于代理方法的最坏情况可以通过围绕类代理的最小球的半径来表征,以覆盖相应类的整个域样本,建议每课多个代理有助于表现。为了提供可扩展的算法并利用更多代理,我们考虑了基于代理的DML实例的最小化者所隐含的机会限制,并将DML重新制定为在此类约束的交叉点中找到可行的点,从而导致问题近似解决。迭代预测。简而言之,我们反复训练基于代理的损失,并用故意选择的新样本的嵌入来重新定位代理。我们将我们的方法应用于公认的损失,并在四个流行的基准数据集上评估图像检索。优于最先进的方法,我们的方法一致地提高了应用损失的性能。代码可在以下网址找到:https://github.com/yetigurbuz/ccp-dml
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探索搜索空间是几十年来吸引研究人员兴趣的最不可预测的挑战之一。处理不可预测性的一种方法是表征搜索空间并采取相应的行动。特征良好的搜索空间可以帮助将问题状态映射到一组运算符,以生成新的问题状态。在本文中,已经使用最知名的机器学习方法分析了基于景观分析的功能集,以确定最佳功能集。但是,为了处理问题的复杂性并引起共同点以跨领域转移经验,最具代表性特征的选择仍然至关重要。提出的方法分析了一组特征的预测性,以确定最佳分类。
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从学术文章中自动提取资金信息为行业和研究社区增添了重要价值,例如基于收到的资金进行资助组织,研究人员和大学的研究成果,并支持开放访问政策。识别和链接资金实体的两个主要挑战是:(i)知识库(KB)的稀疏图结构,这使得基于图的常用实体链接方法的资金域链接方法,(ii)KB中的缺失实体,这(与最近的零拍方法不同)需要标记实体提及没有KB条目为零。我们提出了一个可以执行零预测并克服数据稀缺问题的实体链接模型。我们的模型建立在基于变压器的提及检测和双重编码模型的基础上,以执行实体链接。我们表明,我们的模型表现优于现有基线。
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本文提出了一个新的算法系列,用于在线优化复合目标。该算法可以解释为凸起梯度和$ p $ - 纳米算法的组合。结合适应性和乐观的算法思想,所提出的算法获得了序列依赖的遗憾上限,与稀疏目标决策变量的最著名界限相匹配。此外,该算法具有对流行的复合目标和约束的有效实现,并且可以通过最佳加速速率转换为随机优化算法,以实现流畅的目标。
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由于钻孔对准的困难以及任务的固有不稳定性,在手动完成时,在弯曲的表面上钻一个孔很容易失败,可能会对工人造成伤害和疲劳。另一方面,在实际制造环境中充分自动化此类任务可能是不切实际的,因为到达装配线的零件可以具有各种复杂形状,在这些零件上不容易访问钻头位置,从而使自动化路径计划变得困难。在这项工作中,开发并部署了一个具有6个自由度的自适应入学控制器,并部署在Kuka LBR IIWA 7配件上,使操作员能够用一只手舒适地在机器人上安装在机器人上的钻头,并在弯曲的表面上开放孔,并在弯曲的表面上开放孔。通过AR界面提供的玉米饼和视觉指导的触觉指导。接收阻尼的实时适应性在自由空间中驱动机器人时,可以在确保钻孔过程中稳定时提供更高的透明度。用户将钻头足够靠近钻头目标并大致与所需的钻探角度对齐后,触觉指导模块首先对对齐进行微调,然后将用户运动仅限于钻孔轴,然后操作员仅将钻头推动钻头以最小的努力进入工件。进行了两组实验,以定量地研究触觉指导模块的潜在好处(实验I),以及根据参与者的主观意见(实验II),提出的用于实际制造环境的PHRI系统的实际价值。
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在本文中,在模拟环境中对战斗无人机(UAV)进行了建模。旋转翼无人机成功执行了各种任务,例如锁定目标,跟踪并与周围车辆共享相关数据。采用了不同的软件技术,例如API通信,地面控制站配置,自主运动算法,计算机视觉和深度学习。
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硬示例挖掘方法通常可以改善对象探测器的性能,这些探测器患有不平衡的训练集。在这项工作中,将两种现有的硬采矿方法(LRM和焦点损失,FL)改编成最先进的实时对象检测器Yolov5。广泛评估了提出的方法改善硬性示例性能的有效性。与使用原始损失函数相比,该方法将MAP提高3%,而在2021 Anti-UAV挑战数据集上单独使用硬挖掘方法(LRM或FL)相比,MAP和1-2%左右。
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